Αρκετοί αθλητές από την Σμύρνη στα μέσα του 19ου αιώνα και μετά συμμετείχαν στα “Ολύμπια”: αθλητικούς και καλλιτεχνικούς αγώνες που διεξήχθησαν στην Αθήνα. Το 1890 ιδρύεται ο Μουσικός και Γυμναστικός Σύλλογος “Ορφεύς” που καλλιέργησε τη μουσική παραμερίζοντας την αθλητική δραστηριότητα. Το 1893 μέλη του Ορφέα θέλοντας να δώσουν περισσότερη έμφαση στον αθλητισμό ιδρύουν τον Αθλητικό Σύλλογο “Γυμνάσιον” που καθιερώνει από το 1896 στους Πανιώνιους αγώνες. Το 1898 τα δύο σωματεία ενώνονται και ονομάζονται Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σμύρνης. Ως χρώματα του συλλόγου ορίστηκαν το κυανό και το ερυθρό.
Ο σύλλογος από το 1890-1922 είχε συνολικά ένδεκα αθλητικά τμήματα ανάμεσα σε αυτά το τμήματα βόλεϊ και μπάσκετ από τα πρώτα σε ελληνικό σωματείο, αλλά διατήρησαν και τρία τμήματα αφιερωμένα στις τέχνες: μουσικό, καλλιτεχνικό, φιλολογικό. Το Σεπτέμβριο του 1922 ήρθε μία από τις τραγικότερες στιγμές στην ιστορία του Πανιωνίου, η Μικρασιατική Καταστροφή και ο ξεριζωμός του συλλόγου από την Σμύρνη.
Ο σύλλογος θα είχε διαλυθεί, αν δεν υπήρχε ο πρόεδρος Δημήτριος Δάλλας, που μόλις πάτησε στην Αθήνα, άρχισε να ψάχνει στους προσφυγικούς καταυλισμούς τους αθλητές του συλλόγου. Χάρη σε αυτόν χτίστηκε ο αθηναϊκός Πανιώνιος με στέγη το Παναθηναϊκό Στάδιο. Δύο μήνες με την καταστροφή, το Νοεμβρίου 1922, έγιναν τα εγκαίνια των γραφείων του σωματείου.
Τα επόμενα χρόνια ο Δάλλας προσπάθησε να ξαναζωντανέψει τη πανιώνια ιδέα.Το 1923 η ποδοσφαιρική ομάδα του συλλόγου κάνει την πρώτη της εμφάνιση στο πρωτάθλημα ΕΠΣ Αθηνών-Πειραιώς εναντίον του Παναθηναϊκού.
Από το 1924 -1928 με πρωτοβουλία του Δάλλα έρχεται η ιδέα της διοργάνωσης Βαλκανικών Αγώνων, ιδρύεται η Τεχνική Επιτροπή Γυναικείου Αθλητισμού στον ΣΕΓΑΣ αλλά και η Ένωσης Αθλητικών Συντακτών.
Από το 1945 και μετά ο Πανιώνιος παίζει σημαντικό ρόλο στα αθλητικά αλλά και πολιτιστικά δρώμενα της χώρας βοηθώντας στην εξέλιξή της.
Την ημέρα της Καταστροφής (13/9/1922) δεν ξέχασαν οι άνθρωποι του Πανιωνίου και με post τους στον επίσημο λογαριασμό του στο facebook ανάρτησε την παρακάτω φωτογραφία με λεζάντα: «95 χρόνια από την αποφράδα μέρα κατά την οποία χιλιάδες άνθρωποι ανάμεσα τους και η ομάδα μας, διώχθηκαν από τα χώματα τους. Σμύρνη 1890-Αθήνα 1922-Νέα Σμύρνη 1940. Βαριά κληρονομιά η δικιά σου ιστορία. #neverforget»
